Входим в удаленную консоль и набираем

~]$screen -
~]$rtorrent [url.torrent]

Далее для выхода ^a + d
Для управления в этом режиме используем

^a + q -для выхода из програмы
^a + s -для запуска закачки. И тд
^a +d – для выхода из консоли, не закрывая программы

Далее закрываем консоль и идем спать.
Если нам надо проверить закачку.

Входим на удаленную консоль
Набираем

$screen -r

И попадаем на экран управления rtorrent.